มหาวิทยาลัยแม่โจ้เริ่มเปิดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา ตั้งแต่ปีการศึกษา 2528 โดยเปิดสอนระดับปริญญาโท จำนวน 2 สาขาวิชา ได้แก่ สาขาวิชาส่งเสริมการ เกษตร และสาขาวิชาเศรษฐศาสตร์สหกรณ์ โดยกลไกหลักดังนี้
     (ก) บัณฑิตศึกษา ที่มีหน้าที่เปรียบเสมือน "บัณฑิตวทยาลัย" ทำหน้าที่ประสานงาน และให้บริการในการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา
     (ข) งานด้านการเรียนการสอน ดำเนินการโดยภาควิชาที่เปิดสอนระดับบัณฑิตศึกษา
     (ค) คณะกรรมการบัณฑิตศึกษา กำหนดนโยบายและควบคุมการดำเนินงานของ บัณฑิตศึกษาหลังจากนั้นมหาวิทยาลัยได้มีการปรับโครงสร้างหน่วยงานบัณฑิตศึกษา หลายครั้ง แต่หน่วยงานบัณฑิตศึกษายังคงทำหน้าที่ประสานงานและให้บริการในการจัด การศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา ตั้งแต่รับนักศึกษาเข้าศึกษาจนกระทั่งสำเร็จการศึกษา
          ต่อมาในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2552 มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของสำนักงาน บัณฑิตศึกษา สังกัดสำนักงานอธิการบดี เป็น "กลุ่มภารกิจบัณฑิตศึกษา" สังกัดสำนัก บริหารและพัฒนาวิชาการ ในขณะที่มหาวิทยาลัียปรับโครงสร้างของหน่วยงานบัณฑิต ศึกษาให้มีขนาดเล็กลง แต่ภาระหน้าที่ความรับผิดชอบ จำนวนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา และจำนวนนักศึกษา ได้เพิ่มมากขึ้นทุกปีการศึกษา ทำให้การบริหารจัดการ และการ ดำเนินงานมีอุปสรรคและขาดความคล่องตัว

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยได้เปิดการเรียนการสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา จำนวน 41 หลักสูตร มีนักศึกษาทั้งสิ้นจำนวน 829 คน และจะเิ่พิ่มการเปิดสอนในอีกหลายสาขาวิชา ในปีการศึกษาต่อ ๆ ไป ในขณะที่มหาวิทยาลัยอยู่ในสภาวะที่กำลังขยายการเปิดสอน นักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา เพื่อตอบสนองต่อการพัฒนามหาวิทยาลัยจาก ค2 สู่ ค1 หน่วยงานที่ทำหน้าที่รองรับภารกิจดังกล่าว นับว่ามีความจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องพัฒนา ระบบการทำงานให้ดียิ่งขึ้น มีระบบการบริหารที่คล่องตัว รวดเร็ว สามารถดำเนินงานอย่าง มีประสิทธิภาพ โดยร่วมมือกับคณะ/สาขาวิชาต่างๆ ในการจัดการเรียนการสอนที่มีคุณภาพ อันจะเป็นประโยชน์แก่นักศึกษา และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องต่อไป
          ในการประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 7/2554 เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม 2554 ได้มีมติให้ จัดตั้ง "บัณฑิตวิทยาลัย" ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่อง การจัดตั้งส่วนงาน ภายใน (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2554 ลงวันที่ 19 ตุลาคม 2554 ประกาศจัดตั้ง "บัณฑิตวิทยาลัย" เป็นส่วนงานภายในที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ
          บัณฑิตวิทยาลัย ทำหน้าที่ (ก) เป็นหน่วยงานสนับสนุนการเรียนการสอนระดับบัณฑิต ศึกษาของคณะต่างๆ ในสัดส่วนร้อยละ 70 และ (ข) ดำเนินงานจัดการเรียนการสอนสาย วิชาการที่สังกัดส่วนกลางของมหาวิทยาลัยในสาขาสหวิทยาการ อีกร้อยละ 30